Üheks omapärasemaks merepiirkonnaks Eesti rannikumeres on Väinameri. See on mereala, mis jääb Lääne-Eesti saarestiku sisse. Tegemist on äärmiselt madalaveelise piirkonnaga, kus veevahetus on otseselt tingitud valdavast tuulesuunast. Nii võib Väinameri domineerivate lõuna- ja läänekaare tuulte puhul täituda Liivi lahe veega või olla põhja- ja idatuule korral vastupidi mõjutatud Soome lahe suudmeosa veest. Väinamere elustik koosneb nii tüüpilistest mageveeliikidest kui ka Läänemere avaosast pärinevatest merelise päritoluga liikidest.